1896年10月31日，盛宣怀上奏《条陈自强大计折》与《请设学堂片》，陈述陈兵、理财、育才三大政，提出创办南洋公学的设想。光绪皇帝11月5日批复：“盛宣怀条陈自强大计暨设立达成馆并开设银行各折片，著军机大臣、总理各国事务衙门、户部妥议具奏。”12月6日，光绪皇帝批准盛宣怀设立学堂。

1897年1月14日（清光绪二十二年十二月十二日），大理寺少卿盛宣怀上奏清廷，由他督办的招商局、电报局盈余项下每年拨白银10万两，在上海举办南洋学堂，造就洋务人才，此议于1897年1月26日（清光绪二十二年十二月二十四日）得到光绪允准，并被委派为南洋公学督办。随即，盛宣怀派员在徐家汇北部（今华山路以西地块）选择校址，筹设“四院”（一为师范院；二为外院，即附属小学；三为中院，即二等学堂，相当于中学；四为上院，即头等学堂，相当于大学）。

1897年10月15日南洋公学外院（即附属小学）成立。

1899年秋南洋公学外院（即附属小学）停办。

1901年南洋公学中院感于生源匮乏，再次设立附属小学（今华山路交通大学内南院，面积三十多亩），并于清光绪二十七年二月初一开学授课。陈懋治（诵平）任总教（即校长，清时称总教、堂长，民国称主事），吴敬恒（稚晖）代总教，招收学生七十二名，分高等、预备两班。（注：吴敬恒不久即辞职）

1901年附小课程，一年级为读经（孝经）、修身、图文、笔算、珠算、历史、地理、理科（讲自然物现象）、习字（大楷）、图画（毛笔画）、体操（柔软体操）、乐歌。合计每周三十六点钟，外加体操一小时。二年级读经改为“四书”，理科讲生理，习字增加小楷，图画增加铅笔画。三年级读经又加《左传》，笔算、珠算改为算术，习字为大楷、小楷、行书，图画为毛笔画、铅笔画、粉笔画、几何、设色，体操改为兵式体操，增设商业簿记、英文两课。

1902年11月，南洋公学爆发反封建的“墨水瓶事件”，时任班主任的蔡元培辞职，145名学生退学。

1903年附小第一期15名学生毕业，从此薪火相传，跻身江南名校之列。

1903年3月教员潘灏芬辞职，师范生沈庆鸿（叔逵）自日本留学归国，担任乐歌教师，用简谱1、2、3、4、5、6、7读成独、览、梅、花、扫、腊、雪来教授学生，这是中国学校唱歌课的开始（此前为朗读诗歌）。

1903年6月第一届毕业生15名升送中院。

1903年秋改定学级，每级一年，三年毕业。

1903年冬招商局、电报局归北洋管辖，公学经费骤减。

1904年春陈懋治校长辞职，由教员林康候继任堂长，在职七年，至1911年。

1904年体操课改用国语口令（此前体操课多为英文口令，是为洋操）。

1904年改定每日正课上午四小时，下午三小时，晚温课一小时。

1904年5月举行第二届毕业生，毕业生27名升送中院。

1904年招商局、电报局改归商部管辖，商部派员来沪接收公学。

1904年督办盛宣怀辞职。

1905年春本学改名“商部高等实业学堂”。

1906年春设会计员，周文藻（景云）任之。

1906年5月举行第三届毕业式，毕业生20名升中院。

1906年秋定每日上午授课三小时，下午授课三小时，晚温课一小时。

1906年冬招商局、电报局改归邮传部管辖，校名改为“邮传部上海高等实业学堂附属高等小学堂”。

1907年元旦附小迁入新校舍，称之为“南院”。南院有南北两排2层楼房，南楼有5大间，北楼有7大间，南北楼相距20米，在东端用桥式有顶长廊连接南北楼，在距北楼西端7米，又建造小楼5间，平层1大间，用桥式无顶阔廊与北楼连接。

1907年1月，立教室整洁会，设级长，由教员委任。

1907年2月，与上、中院联合震旦学堂于李公祠演戏募捐，赈济淮徐水灾。

1907年3月下旬，避喉疫，全堂停课至4月。

1907年5月举行毕业考试，及格者29名。

1907年11月13日开成绩展览会及学艺会。

1907年12月，评选优秀学生——薛桂轮。

1907年唐文治任南洋公学校长，1920年辞职。

1908年春，在南楼西南隅建造礼堂，天雨兼作操场。

1908年2月蒙古喀拉沁亲王贡桑诺尔布派于启明、汪长春、乌勒巴图（杨时芳）三人来校学习。（考自《贡桑诺尔布大事纪略》，我校存有旧照片一张）

1908年3月礼堂开工建设。

1908年5月举行第五次毕业式，27名毕业生升送中院。

1908年6月礼堂落成。

1908年7月规定学期小考两次，大考一次。

1908年秋，礼堂设体育会优胜碑。

1908年冬评选优秀学生——傅焕光。

1909年一年级增设手工课，废珠算课。

1909年4月定校歌。

1909年5月举行第六届毕业式，毕业生30名升送中院。

1909年5月评选优秀学生——吴福同。

1909年秋，二年级设手工课，废珠算课。

1909年秋，上学期因病未参加毕业考试者举行补考，及格者5人，升送中院。

1909年冬，增设体操课。

1909年冬，邮传部侍郎沈云沛来学堂考察。

1909年冬，评选优秀学生——郑明、沈学洪。

1910年2、3月规定教室长及卧室长均由学生选举产生，正、副各一人。

1910年3月学部视学官戴展诚等来学堂考察。

1910年4月学生自行组织运动会。

1910年5月举行第七届毕业式，37人升送中院。

1910年5月评选优秀学生——王永礼、李熙谋。

1910年7月上学期因病未参加毕业考试者补考，2人及格升送中院。

1910年7月南洋公学校长唐文治亲自撰写“勤、俭、敬、信”校训。

1910年8月唐文治捐资助全校安装电灯。

1910年秋检查学生体质，分身高、体重、肺量、脊柱、听力、视力六项。

1911年5月举行第八届毕业式，40人升送中院。

1911年夏添建大门及门房。

1912年接中华民国教育部规定高等小学修业期改为三年。

1912年沈庆鸿任主事（校长）。

1912年5月举行第九届毕业长，34人升中院。

1912年增设拳术课。

1913年5月，毕业生43人。

1913年东廊改建新舍五幢。

1914年5月，毕业生27人。

1915年5月，毕业生28人。

1915年沈庆鸿创办童子军四小队，每队八人，后编为上海童子军第十团，是中国最早建立童子军的学校之一。

1915年冬增校舍六幢，教员宿舍6幢。

1916年5月，毕业生36人。

1917年春聘英人李思廉为童子军团长。

1917年4月 上海高等小学举行联合运动会，童子军到场维持秩序，获奖银牌一枚。

1917年5月，毕业生41人。

1917年秋 全校学童均入童子军，编为三小团十七队。

1918年春 委英人培克司为童子军团长。

1918年5月 童子军参加上海西区各团比赛，获第三名佳绩。

1918年5月 毕业生41人。

1919年春 委沈同一为童子军团长。

1919年春，上海北部各校童子军比赛，救护、测量、旗语、制图、造桥、烹饪、娱乐七项，我校获第一名佳绩，童子军会长唐露园赠彩旗一面，前堂长林康候赠银杯一座，文思书店赠童子军模型一件。

1919年3月 反对日本侵占山东，童子军上街开展募捐，一日募集一千五百余元振济北方。

1919年5月 五四运动爆发。

1919年5月，毕业生41人。

1919年10月 童子军赴公共体育场表演。

1920年5月，毕业生54人。

1922年校童子军团参加江苏省童子军大会操，获全省冠军。

1924年，学制改变，将高小改为初中，另设小学二班，共计五班，学生二百余人。

1924年5月，万国童子军第二次大会在丹麦哥本哈根举行，我国北洋政府派南模童子军团教练三人，童子军六人赴会，颇为世界好感。

1925年5月30日，本校学生陈虞钦参加为抗议日商枪杀中国工人顾正红暴行而组织的学生游行，行经南京路英租界巡捕房时，遭外国巡捕开枪射杀，身中七弹，经医院抢救不治，于31日辞世。另一附小同学吴恒慈因爱国忧愤，发狂成疾而死，交大校园内有一圆形纪念碑，纪念陈、吴两同学，刻有两人姓名及死记经过。

1926年夏，沈叔逵应日本少年团总部邀请，率南洋大学附小童子军团代表团访问日本。

1926年，学制变更，小学从初小四年高小三年的七年制改为六年制（初小四年高小二年）。