在南洋公学成立后，当时主要是按“中学为体，西学为用”的洋务派教育思想来办学的。

     “中学为体，西学为用”是洋务教育思想的核心。这一思想早在十九世纪六十年代由冯桂芬(1809--1874年，江苏吴县人，道光进士，翰林院编修)在《采西学议》一文中提出。冯桂芬主张“以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”，并“采西学”、“制洋器”。到1898年4月，张之洞在《劝学篇》中又将“中体西用”的洋务教育思想较为系统地进行了

阐述。

    盛宣怀是洋务派中首先创办新式高等教育的人物之一。盛宣怀为了贯彻“西学为用”，必然要依赖于洋人。他把“西学”、“西艺”的课程，及采用什么措施达到目的，全部委托美国传教士福开森主管，委他为监院、洋总教习。但是，福开森来到中国的目的，是企图把中国的教育全盘西化。福开森任公学监院后，为了扩大他的势力，又介绍聘请了美国人薛来西、勒芬尔、乐提摩等人来公学任教。他们全盘搬用欧美的教育制度、教学内容、教育方法。他们对公学“中学为体，西学为用”的教育宗旨十分不满，认为这是轻视“西学’’的表现。1902年中华教育会第四届大会上福开森就说：“政府把‘中学为体西学为用’作为教育宗旨，是轻视西学的表现。”而洋务派既仰息洋人办学，又怕全盘西化，唯恐西方民主思想的“僻邪侈流’’会对学生造成影响。因而封建统治者曾一再重申：“勿论何等学堂，均以忠孝为本，以中国经史之学为基。”因此，盛宣怀办南洋公学，他主张由小学起对学生就要以“孝经四书预固其基”，唯恐造成“于西学未有入门发轫之功”的局面。因而，福开森的全盘西化的主张在公学里引起了巨大反响。

何嗣馄校长在公学始终把“中学’’放在首位，特别强调学习中国的经史之学，他认为这是贯彻旧学为体、新学为用的基础。在他主持工作时期，公学的“中学”课程要求很高，并在以后形成制度，成为本校重文的特点。1896年，何嗣馄参观天津中西学堂时，认为该校学生的汉语水平太差，不会书写本国语言和汉语作文；对中国文学不熟悉，即学习现代科学及外国语，结果只会变成中国文化的装饰品。因此，他向盛宣怀建议：南洋“录取学生的首要条件应当是具有阅读和书写本国语的能力”，使学生“接着就能够用规范的中国文学语言把他们的思想记录下来，这样现代学科就会成为中国文学生活的组成部分。”

在制订南洋公学的教学方针时，何嗣馄也将“中学”放在突出的位置，规定在上海办的公学“只招收那些经过严格中文考试合格的学生”。在《筹集商捐开办南洋公学折》附设章程中，更是明文规定了公学教学以通达中国经史大义为基础。何嗣馄亲笔书写的《南洋公学章程》又明确指出：“每周中西课的教学时间比例为各得三日”，“上华课时禁阻学生翻阅西文书籍”。向西方学习，在这一阶段办学中是贯彻始终的。唐文治校长尚实办学思想，期望用西方的科学技术来培养我国的实业人材。他认为，要达到这个目的，教师是关键。他延聘的教师(除国文外)，都是受过西方近代大学教育的中、外教师。专业课教师则以美籍教师为主。这支教师队伍，除了承担日常的教学任务以外，还是推进本校向西方学习的重要力量。他们关于培养人才的建议，常常为唐文治校长所支持和接受。

外语是向西方学习的工具，学校十分重视外语教学。1910年唐文治校长在给邮传部要求成立英文大会的咨文中说：“盖无论何种科学，均须熟娴文法，方能窥其精奥。”意思是说，要学习西方深邃一点的科学，如不娴熟地掌握外国的语言文字是学不到手的。